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Integrierte genombasierte Surveillance von Salmonellen (GenoSalmSurv)
Projekt
Förderkennzeichen: BfR-BIOS-08-1368-1676
Laufzeit: 01.03.2019
- 28.02.2022
Forschungszweck: Experimentelle Forschung
Stichworte: Salmonellose, Zoonose, Genomsequenzanalyse, Erregerüberwachung
Die Salmonellose ist eine Erkrankung, die durch Enterobakterien der Gattung Salmonella hervorgerufen wird. Sie ist nach der Campylobakteriose die zweithäufigste gemeldete bakterielle Durchfallerkrankung beim Menschen in Deutschland, jedoch ist die Hospitalisierungsrate bei Salmonellosen deutlich höher als bei Campylobacter-Enteritidien. Von besonderer gesundheitspolitischer und sozioökonomischer Bedeutung ist zudem, dass dieser Zoonoseerreger viele lebensmittelbedingte Krankheitsausbrüche verursacht. Im beantragten Projekt soll ein Modell für eine integrierte genombasierte Surveillance von Salmonellen etabliert werden, das auf dem Einsatz von modernen hochauflösenden Genomsequenzierverfahren basiert. Hierbei sollen die Referenzlaboratorien der Humanmedizin und der Lebensmittelüberwachung des Bundes unter Einbeziehung weiterer Institutionen des öffentlichen Gesundheitsdienstes (ÖGD) bzw. der Behörden für Lebensmittelsicherheit und Tiergesundheit der Länder zusammenarbeiten. Im Projekt sollen 1) Typisierungsmethoden incl. Genomsequenzanalyseverfahren für Salmonellen erhoben, harmonisiert und Bottlenecks erkannt, 2) möglichst lizenzfreie (open-source) Sequenzanalyse-Programme für die Clustererkennung und Typisierung von Salmonellen evaluiert und den Überwachungsbehörden sektorenübergreifend unterbreitet, 3) prospektive Genomsequenzierungen durchgeführt und die Sequenzdatenergebnisse zusammengeführt sowie 4) in den Überwachungsbehörden das neue Konzept vorgestellt und Multiplikatoren geschult werden. Dies dient dem Zweck, das hochauflösende Verfahren der Genomanalyse zur Clustererkennung, Erregerüberwachung und Infektionsquellenanalyse allen beteiligten Behörden in einfacher Form zugänglich zu machen und damit dessen Etablierung sektorenübergreifend (One Health Konzept) zu beschleunigen und in breitem Maße zu realisieren.
Teilprojekt des BfR: Arbeitspaket 2: Entwicklung von Standardabläufen für ein integriertes genombasiertes Salmonella-Surveillance (BfR) Dieser Schwerpunkt beinhaltet die Erarbeitung eines Modells für ein integriertes genombasiertes Surveillance für Labore und Behörden (einschließlich des weiteren Vorgehens bei Clustererkennung), die Abstimmung von Laborprotokollen für WGS sowie die Entwicklung und Harmonisierung von bioinformatischen Standardarbeitsabläufen. Gemeinsame Kriterien sollen eine einheitliche, zwischen den Partnern abgestimmte Datenqualität garantieren. Die darauf aufbauende Feintypisierung umfasst die Erkennung von Serotypen, Multilocus-Sequenztypen (7-Gen-MLST), antimikrobiellen Resistenzgenen, Virulenzgenen und Plasmiden. Weiterhin werden Tools etabliert, die unterhalb der Serovarebene eine Subtypisierung ermöglichen und so die Überwachung dominierender oder neu auftretender phylogenetischer Linien erlauben (z.B. ribosomale MLST). Arbeitspaket 4: Ausrichtung eines WGS Leistungsvergleichstest (BfR) Vorgesehen ist die Durchführung eines Leistungsvergleichstests ausgewählter Labore des ÖGD, der Veterinärmedizin und der Lebensmittelüberwachung der Länder. Den Teilnehmenden werden Isolate sowie DNA von Salmonella Isolaten zur Verfügung gestellt, die Labore spiegeln dann ihre generierten Sequenz-Rohdaten zurück. Dieser Test dient der Überprüfung der Leistungsfähigkeit der Sequenzierlabore, um festgelegte Genomsequenzqualitäten zu sichern. Die Ergebnisse sollen in Schulungsmaßnahmen einfließen.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Lebensmittelmikrobiologie
