Auf unserer Webseite verwenden wir Cookies, die unter „Cookie-Einstellungen anpassen“ näher beschrieben werden. Notwendige Cookies werden für grundlegende Funktionen der Webseite benötigt, um eine optimale Nutzung zu ermöglichen. Dadurch ist gewährleistet, dass die Webseite einwandfrei funktioniert. Darüber hinaus können Sie Cookies für Statistikzwecke zulassen. Diese ermöglichen es uns, die Webseite stetig zu verbessern und Ihr Nutzererlebnis zu optimieren. Ihre Einwilligung zur Nutzung der Statistik-Cookies ist freiwillig und kann in der Datenschutzerklärung dieser Webseite unter „Cookie-Einstellungen“ jederzeit widerrufen werden.
Diagnose von Viren und virusähnlichen Schaderregern mittels Hochdurchsatzsequenzierungen (NGS)
Projekt
Förderkennzeichen: 2815ERA02K, JKI-EP-08-2288
Laufzeit: 01.07.2016
- 30.06.2018
Fördersumme: 149.064 Euro
Forschungszweck: Angewandte Forschung
Ziel dieses Projektes ist die Entwicklung und Validierung eines methodischen Gesamtkonzeptes zur Detektion und Charakterisierung von Pflanzenviren und virusähnlichen Schaderregern an Leguminosen und Gemüse durch Next-Generation Sequencing-(NGS)-Technologien. Dieses umfasst die Probenentnahme und –aufbereitung sowie die Vorbereitung für Hochdurchsatzsequenzierung sowie die Entwicklung einer bioinformatischen Pipeline zur Datenauswertung. Teilaspekt 1: Entwicklung und Validierung von Abläufplänen von Probenaufbereitung bis einschließlich Datenanalyse. Dabei Optimierung und Vergleich verschiedener Nukleinsäureaufbereitungsmethoden aus verschiedenen pflanzlichen Matrizen (dsRNA Extraktion, dsRNA Anreicherung mittels dsRNA-spezifischer Antikörper, siRNA Extraktion, Sequenzierung nach Rolling Circle Amplification (RCA) viraler DNA). Desweiteren Vergleich in-house Libraryerstellung vs. Erstellung der Library durch kommerzielle Sequenzierfirmen. Sequenzierungsarbeiten durch kommerzielle Anbieter. Adaption einer bioinformatischen Pipeline an die am JKI genutzte Analyseplattform (Galaxy) zur Auswertung der Sequenzierdaten. Teilaspekt 2: Validierung der entwickelten Protokolle durch Laborvergleichsuntersuchungen. Veröffentlichung der erzielten Sequenzierergebnisse in Fachpublikationen bzw. Hinterlegung in öffentlichen Referenz-Datenbanken. Teilaspekt 3: Untersuchung von nicht-charakterisierten Pflanzenproben aus der JKI-Virussammlung (Virothek) und Probeneinsendungen von Kooperationspartnern sowie Proben von kommerziellen Anbauern und Feldversuchen mit unbekanntem Virusstatus. Schlagworte: EUPHRESCO II, Kartoffel, Erbse, Bakterien, Pilze, Phytoplasmen
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Pflanzenschutz