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Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern (ZooSeq)

Projekt

Ernährung und Verbraucherschutz

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Ernährung und Verbraucherschutz


Förderkennzeichen: FLI-IVD-08-Ri-0748
Laufzeit: 01.12.2019 - 01.11.2022
Forschungszweck: Experimentelle Forschung
Stichworte: Zoonosen, NGS, Diagnostik, Screening-Plattform

Projekt im Rahmen des Forschungsnetzes zoonotische Infektionskrankheiten: Übergeordnetes Ziel des Antrages ist die Vernetzung der innerhalb des Forschungsnetzes Zoonosen geförderten Projekte, um aufbauend auf den diversen Erfahrungen zur der NGS-Technologie technologische und methodische Fortschritte zu erreichen. Bestimmende Prämisse ist dabei der Querschnittscharakter für Bakteriologie und Virologie sowie der Einsatz innovativer Sequenzier- und Analyseansätze, die der Weiterentwicklung innerhalb des Zoonosenetzwerkes dienen. Der Antrag basiert auf dem Fazit eines Expertenworkshops. Das Vorhaben dient der Etablierung modernster, effizienter Workflows basierend auf der Kompetenz und Expertise der NGS-erfahrenen Antragsteller. Proben oder Fragestellung aus den Zoonoseprojekten können evtl. zur Validierung einfließen. Die optimierten Sequenziermöglichkeiten (SOPs, Technologien, Pipelines) können dann von allen Zoonoseprojekten eingesetzt werden, um S- basierte Forschung und Diagnostik im Forschungsnetz auf den bestmöglichen Stand zu bringen. Die Arbeitspakete (AP) sind eng verzahnt, was Informationsfluss und Berücksichtigung der wechselseitigen Abhängigkeiten aller Schritte sicherstellt. Relevante Protokolle für NGS-Methoden werden erfasst, überarbeitet, evaluiert und aktuelle Versionen jeweils als SOPs innerhalb des Netzerkes verfügbar gemacht (AP1). In AP2 wird die Prozessierung von FFPE-Material als besonderes und wichtiges Material für NGS-Verfahren optimiert sowie eine universelle Methode zur Wirtsdepletion entwickelt,um Wirtsmoleküle in der Probe zu minimieren, welche die unbekannte Zielinformation des Erregers maskieren. In AP3 wird ein System weiterentwickelt, welches mittels eines Target-Enrichment-Prozesses eine Vielzahl bekannter, relevanter Zielspezies (virale und bakterielle Erreger) anreichert und damit deutlich besser analysierbar macht. In AP4 werden Methoden des 3rd Generation NGS optimiert, um die Sequenzierung langer Sequenzierreads zu verbessern. In AP5 wird die bioinformatische Auswertung der in AP2-AP4 generierten Daten optimiert.

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