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Impressum
SYNBREED T3: Bioinformatik
Projekt
Förderkennzeichen: 0315527A
Laufzeit: 01.07.2009
- 31.10.2014
Fördersumme: 3.458.546 Euro
Forschungszweck: Grundlagenforschung
Die genomische Selektion soll die Zuchtwertschätzung von Pflanzen und Tieren durch genomweite Genotypisierung mittels SNP-Arrays signifikant verbessern. Grundlage ist, in enger Zusammenarbeit mit T1, die Resequenzierung von spezifischen europäischen Maislinien bzw. Zuchtlinien von Huhn und Rind mittels Sanger Technologie und next generation sequencing Methoden (NGS). Massiv gewonnene Sequenzinformation soll mit Referenzgenomdaten integriert und genotypisierungs- und funktionsrelevante SNPs detektiert werden, die in enger Vernetzung mit T2 als Grundlage von SNP-Arrays für die Genotypisierung dienen sollen. Es wird angestrebt, sowohl die SNP-Arrays als auch die massiven Resequenzierungsdaten in international vorangetriebene Arbeiten zur Genomanalyse und Populationsgenomik einzubinden, um so immense Synergieeffekte für Synbreed zu nutzen. Es sollen geeignete Systeme zur Speicherung, Darstellung und automatisierten Analyse von populationsgestützten SNP-Genotypisierungsdaten aufgebaut werden. Diese Informationssysteme sind Voraussetzung für molekular gestützte, neuartige Zuchtschemata.
Massive Generierung von Sequenzdaten aus verschiedenen Genotypen, Integration und Vergleich mit Referenzgenomen sowie die Entwicklung von SNP-Arrays kann als revolutionärer Schritt für die zukünftige Züchtungsforschung und Sortenentwicklung angesehen werden. Diese Technologien werden die Grundlage für die hochauflösende markerbasierende Selektion sowie für die Analyse einer Reihe züchtungsrelevanter Themen wie Populationsstrukturen, Unterschiede in den Variationsmustern genomischer DNA und Unterschiede im Ausmaß des LD bilden.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Pflanzenzüchtung
- Tierzucht
