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Entwicklung Routine-tauglicher Next Generation Sequencing (NGS)-Techniken für die Charakterisierung von Lebensmittel-assoziierten Viren
Projekt
Förderkennzeichen: BfR-BIOS-23-1322-840
Laufzeit: 01.06.2024
- 31.05.2027
Forschungszweck: Experimentelle Forschung
Stichworte: Ganzgenomsequenzierung,Next Generation Sequencing,Norovirus,Hepatitis E virus (HEV)
Lebensmittel-assoziierte Viren gewinnen in der Lebensmittelsicherheit zunehmende Bedeutung. So führten in der Vergangenheit häufig mit Noroviren (NoV) kontaminierte Lebensmittel zu Gastroenteritis-Ausbrüchen, z.B. im Jahr 2012 mit über 10.000 Erkrankten durch den Verzehr NoV-kontaminierter Tiefkühl-Erdbeeren. Auch Leberentzündungen, die durch das Hepatitis E-Virus (HEV) ausgelöst werden, nahmen in den vergangenen 10 Jahren in Deutschland deutlich zu. Dieses Virus wird hauptsächlich über den Verzehr von kontaminierten Fleischprodukten von Schweinen und Wildschweinen übertragen. Zur Aufklärung von Erkrankungs-Ausbrüchen sowie für die Forschung zur Risikobewertung spezifischer Lebensmittel und Übertragungswege sind exakte Typisierungsverfahren für diese Viren essentiell. Für bakterielle Erreger werden hierfür seit einigen Jahren Gesamtgenom-Sequenzierungen mittels Next Generation Sequencing (NGS)-Techniken erfolgreich und routinemäßig eingesetzt. Für Viren ist dies deutlich schwieriger, da diese im Gegensatz zu den Bakterien meistens nicht in Reinkultur vorliegen, weswegen die viralen Gen-Sequenzen aus den Lebensmittelmatrices zunächst aufwendig angereichert werden müssen. Am BfR wurden in den letzten Jahren bereits NGS-Methoden zur Charakterisierung von HEV innerhalb von Forschungsprojekten entwickelt und in Einzelfällen erfolgreich angewendet. Im Projekt sollen diese Methoden zur routinemäßigen Nutzung weiterentwickelt werden. Für NoV sollen zwei verschiedene NGS-basierte Techniken neu etabliert werden, um auch für dieses Virus detaillierte Genom-Charakterisierungen zu ermöglichen. Parallel zur Laborarbeit sollen bioinformatische Pipelines entwickelt werden, die eine anwenderfreundliche Datenauswertung ermöglichen. Die entwickelten Methoden sollen an Feldproben angewendet und anschließend für den Routine-Betrieb im NRL für durch Lebensmittel übertragbare Viren zur Verfügung gestellt werden.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Verfahrenstechnik Lebensmittel
- Toxikologie
