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Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern (ZooSeq) – Von der komplexen Probe zur Erreger-Gensequenz (ZooSeq)
Projekt
Förderkennzeichen: 2819114019
Laufzeit: 01.12.2019
- 30.11.2022
Fördersumme: 396.997 Euro
Forschungszweck: Experimentelle Forschung
Stichworte: Wissenstransfer, Prävention, Diagnostik, Mikroorganismen, Tierart übergreifend, Zoonosen
Ein zentrales Ergebnis war die Entwicklung umfassender Sonden-Panels zur gezielten Anreicherung der Nukleinsäuren viraler Erreger („VirBaits“ und „VirBaits 2.0 One Health“), welche angewendet werden können, wenn der ungezielte Metagenom-Ansatz keine ausreichende Erregercharakterisierung zulässt und erhöhte Sensitivitäten notwendig sind. Zudem wurden spezifische Sonden-Panels für einzelne bekannte aber auch neu entdeckte Viren etabliert (z.B. Rustrela Virus). Hinsichtlich der Depletion von Wirtsnukleinsäuren zur besseren Detektion unbekannter viraler Erreger wurden Vergleiche mit kommerziellen Kits durchgeführt, mit denen spezifisch Nukleinsäuren bestimmter Wirte (z.B. Mensch-Maus-Ratte) reduziert werden können. Zudem wurde ein universelles Protokoll etabliert, welches für eine Wirts-unabhängige Depletion, und damit eine breitere Anwendung eingesetzt werden kann. Bezüglich der optimierten Nukleinsäure-Extraktion von Formalin-fixiertem und Paraffin-eingebettetem Material wurden wichtige Grundlagen erarbeitet, ein optimiertes Protokoll etabliert und weiter getestet. Hervorzuheben ist weiterhin die Arbeit an einem Protokoll zur Nukleinsäure-Extraktion aus sehr fetthaltigen Materialien (z.B. Gehirn, ggf. Lebensmitteln) das jetzt zur Verfügung steht. Dieses erlaubt insbesondere eine optimierte Bearbeitung von Enzephalitis-Proben im Rahmen von Metagenomanalysen zur Detektion bisher unbekannter Erreger. Alle Protokolle und Publikationen werden über die Projekt-Netzwerk-Webseite (https://www.zoonosen.net/forschungsnetz/vernetzungsprojekte) zur Verfügung gestellt. Im Rahmen aller Arbeitspakete wurden Unterstützungsleistungen zur genetischen Analyse von SARS-CoV-2 und damit zur deutschlandweiten Überwachung, Erforschung und Bereitstellung von SARS-CoV-2 Genomen beigetragen.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Tiergesundheit
Rahmenprogramm
Förderprogramm
Ausführende Einrichtung
Friedrich-Loeffler-Institut - Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit (FLI)
