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Moderne molekulare Diagnostikmethoden: Ultraschnelle Ad-Hoc-Pathotypisierung und Charakterisierung von AIV-Gesamtgenomen
Projekt
Förderkennzeichen: 2813100206
Laufzeit: 01.09.2006
- 31.08.2009
Fördersumme: 1.729.605 Euro
Forschungszweck: Experimentelle Forschung
Es wurde ein robustes und sensitives Protokoll für die Herstellung der zur Sequenzierung mit dem Genome Sequencer FLX notwendigen doppelsträngigen DNA aus der genomischen RNA der Influenzaviren etabliert. Für die Bearbeitung der bei der Sequenzierung anfallenden Rohdaten sowie der damit assoziierten Kenndaten, wurde eine Datenbank in R programmiert. Mit dieser Datenbank sind einerseits die Handhabung aller Daten und andererseits auch die Steuerung der Datenauswertung möglich. Durch die Integration aller für die Bearbeitung der Daten wichtigen Funktionen in die Datenbank, ist eine effektive und fehlerfreie Auswertung zuverlässig möglich. Für die gezielte Analyse der Sequenzen der Influenzaviren, wurden spezifisch an die Analyse der Influenza Virus Genome angepasste Abläufe programmiert. Diese programmierten Analyseabläufe beinhalten ein optimiertes Assembly, eine erste Analyse der Variabilität der zugrunde liegenden Viruspopulation, die Bestimmung der open reading frames sowie der codierten Proteine und nicht zuletzt die Suche der nächstverwandten Viren. Auch die Analyse der möglichen bei der Interspeziestransmission auftretenden bzw. dafür notwendigen Veränderungen der Virus-Quasispezies, wurde vorbereitet und kann auf der Basis der erstellten Arbeitsabläufe nun effektiv durchgeführt werden.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Tiergesundheit
- Spezielle Tierarten
- Wildbiologie
- Biotechnologie
