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Anwendung der Next Generation Sequencing Technologie (NGS) zur Identifikation und Charakterisierung der Citrinin- und Ochratoxingene in Penicillium verrucosum
Projekt
Förderkennzeichen: MRI-OG-08-101128209
Laufzeit: 01.12.2014
- 31.12.2016
Forschungszweck: Angewandte Forschung
Stichworte: P. verrucosum, P. citrinum, NGS
Identifikation und Charakterisierung der Citrinin- und Ochratoxingene in Penicillium verrucosum, Analyse der innerartlichen Variabilität bezüglich Wachstum und Mykotoxinbiosynthese bei unterschiedlichen physiologischen Bedingungen mit dem Ziel der Entwicklung von Vermeidungsstrategien.
Im Rahmen des Projektes konnte das Genom der beiden lebensmittelrelevanten, mykotoxin-bildenden Penicillium Spezies P. verrucosum und P. citrinum erstmalig sequenziert und weitergehend analysiert werden. Die Sequenzdaten wurden im „National Center for Biotechnology Information (NCBI)“ veröffentlicht und sind somit der wissenschaftlichen Gemeinschaft zugänglich (https://www.ncbi.nlm.nih. gov/genome/). Innerhalb der, an diesen Genomsequenzen durchgeführten Analysen, wurden zunächst sequenz-spezifische Parameter, wie die Größe der Genome in Anzahl der Basenpaare und des GC-Gehaltes ermittelt. Weiterhin konnten in den Genomen die Gene und die hierdurch codierten Proteine mittels des bioinformatischen Tools „AUGUSTUS“ annotiert werden. Durch Charakterisierung der Sequenzen mittels weiterer Software wie „antiSMASH“ und „SMURF“ konnten in beiden Spezies diverse Sekundärmetabolitcluster identifiziert werden. Unter anderem wurde dabei die erstmalige Identifikation und vorläufige Charakterisierung des Genclusters für die Bildung des Mykotoxins Citrinin (P. verrucosum und P. citrinum) ermöglicht. Eine entsprechende Publikation ist eingereicht und befindet sich aktuell unter Begutachtung.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Ernährungsphysiologie
- Toxikologie
Rahmenprogramm
Förderprogramm
Ausführende Einrichtung
MRI - Institut für Sicherheit und Qualität bei Obst und Gemüse (MRI-OG)