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PHYTFIRE - Entwicklung einer verlässlichen Vor-Ort-Erkennung und einer innovativen epidemiologischen Diagnostik für den Feuerbranderreger Erwinia amylovora in Wirtspflanzenbeständen
Verbundprojekt
Koordinierende Einrichtung:
Forschungsanstalt Agroscope Standort Wädenswil
Nachweis und Quantifizierung des Feuerbranderregers spielen eine wichtige Rolle in der Entwicklung von Prognose-Modellen und Bekämpfungs-Strategien. Neben der Weiterentwicklung von spezifischen Nachweisverfahren ist dabei auch wichtig Umweltparameter, die die Entwicklung des Pathogens beeinflussen möglichst exakt zu erfassen. Die Projektpartner im EUPHRESCO Projekt PHYTFIRE werden neue Techniken etablieren und evaluieren mit denen sich Ausbreitung und Entwicklung des Feuerbranderregers und der begleitenden Mikroflora analysieren lassen. Eine neue Methode der Hochdurchsatz-Identifikation von Mikroorganismen aus dem klinischen Bereich soll für ein schnelles Monitoring solcher Umweltorganismen geprüft werden. Im PHYTFIRE Projekt sollen am JKI Dossenheim über dieses MALDI-TOF MS basierte Verfahren Feuerbrandproben ausgewertet werden. In Absprache mit der Projektkoordination wird sich das JKI an der Entwicklung und Validierung spezifischer Nachweisverfahren und on-site detection Methoden zur Feuerbrand-Diagnose beteiligen.
Die mikrobielle Zusammensetzung wird in einer definierten Feuerbrandumgebung (Exaktversuch mit künstlicher Inokulation in der Freilandversuchsanlage Kirschgartshausen) analysiert. Begleitend zu den Bekämpfungsversuchen werden kultivierbare Bakterien über MALDI-TOF MS auf Gattungs- und Art-Ebene identifiziert und die Auswirkung unterschiedlicher Behandlungsvarianten überprüft. Über PCR-Nachweis und Sequenzierungen wird die MALDI-TOF Zuordnung verifiziert.
Aus dem Versuchsansatz wird ein allgemein anwendbares Protokoll entwickelt und an die PHYTFIRE Partner weitergegeben. Durch Behandlungsvarianten verursachte Verschiebungen in der Populationszusammensetzung werden erfasst, wodurch unerwünschte Nebenwirkungen frühzeitig ausgeschlossen werden können. Die Daten können zur verbesserten Feuerbrandprognose und gezielteren Anwendung bakterieller Antagonisten beitragen.
Verbundbereiche
Projektleitung und Koordination
Leitende Einrichtung:
Forschungsanstalt Agroscope Standort Wädenswil
Methodentraining und Ringversuche
Leitende Einrichtung:
Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
Blüten-Überwachung
Leitende Einrichtung:
Institut für Pflanzenschutz in Obst und Weinbau - Bereich Obstbau
Forschungsprojekte
Vektorüberwachung
Leitende Einrichtung:
Technische Universität Wien
Asymptomatische Infektionen und Umwelteignung
Leitende Einrichtung:
Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
Source tracking
Leitende Einrichtung:
Forschungsanstalt Agroscope Standort Wädenswil
