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SYNBREED A4: Populationsgenomik
Projekt
Förderkennzeichen: 0315528C
Laufzeit: 01.08.2009
- 31.10.2014
Fördersumme: 1.320.602 Euro
Forschungszweck: Grundlagenforschung
In diesem Projekt werden populationsgenomische Methoden für die spezifischen Bedingungen bei selektierten agrarisch genutzten Populationen adaptiert und auf die im Gesamtprojekt generierten Sequenzen und Hochdurchsatz-Typisierungsergebnisse bei Mais, Huhn und Rind angewandt. In genomweiten Scans werden die Linkage Disequilibrium (LD)- und Haplotypenstruktur analysiert und Rekombinations-Hotspots, Selektionssignale und selective Sweeps detektiert. Die allelische Differenzierung divergent selektierter Populationen ermöglicht Rückschlüsse auf selektionsrelevante funktionale Regionen. Koaleszenz- und 'vorwärtsorientierte' Simulationen ermöglichen Neutralitätstests, die an die besonderen Gegebenheiten agrarisch genutzter Populationen angepasst sind. Alle Methoden werden in eine Analysepipeline integriert und stehen über das Projekt hinaus zur Verfügung. Die Ergebnisse dieses Verbundprojekts tragen zu einem verbesserten Verständnis der genomischen Architektur der betrachteten Spezies bei, stellen eine unabhängige Verifizierung von Ergebnissen der QTL-Kartierung und der genomischen Zuchtwertschätzung dar und ermöglichen effizientere Ansätze der genomischen Selektion und Leistungsvorhersage.
Unterprojekte:
A4.1: Methodenentwicklung Populationsgenomik
A4.2: Populationsgenomische Analyse des Maisgenoms
A4.3: Populationsgenomische Analyse des Hühnergenoms
A4.4: Analyse von individuellen Genomsequenzen auf einem populationsgenomischen Hintergrund zum Auffinden von kausaler DNA-Variation beim Rind
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Pflanzenzüchtung
- Tierzucht