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Impressum
Verbundprojekt: FUGATO-plus – GenoTrack – Hochdurchsatz-SNP-Typisierung für die genomische Selektion beim Rind, Assoziationsstudien und populationsgenetische Analysen des Rindergenoms; Teilprojekt Uni Göttingen
Projekt
Förderkennzeichen: 0315134C
Laufzeit: 01.03.2008
- 28.02.2011
Fördersumme: 273.746 Euro
Forschungszweck: Grundlagenforschung
Die enormen Fortschritte in der Entwicklung und Chip-basierten Darstellung von SNP-Markern in Verbindung mit der Etablierung effizienter Hochdurchsatzplattformen ermöglichen umfassende Genotypisierungen an großen Tierzahlen. Die Fülle genomischer Information eröffnet neue und bisher ungeahnte Möglichkeiten zur Erforschung des Rindergenoms und erlaubt insbesondere einen direkten Zugang zur genetischen Variation quantitativer Merkmale. Das Verbundprojekt GenoTrack sieht vor, sorgfältig ausgewählte Tiergruppen verschiedener Rinderrassen an 54.000 SNPs zu typisieren und anhand dieser Information unterschiedliche Fragestellungen zu verfolgen. Im Zentrum dieser neuen strukturellen Ansätze steht die Beschreibung der genetischen Architektur in Form von Haplotypinventaren der einzelnen Populationen. Die Schätzung der Effekte dieser Haplotypen auf Merkmale der Leistung und Gesundheit führt über die auf das Einzeltier bezogene summarische Betrachtung zu genomischen Zuchtwerten. Diese genomischen Zuchtwerte können bereits zum Zeitpunkt der Geburt eines Tieres berechnet werden und ermöglichen sehr früh präzise Selektionsentscheidungen, die den Zuchtfortschritt substanziell steigern. Darüber hinaus können Chromosomensegmente identifiziert werden, die sich in ihren populationsgenetischen Eigenschaften (z.B. Homozygotiegrad) deutlich vom Gesamtgenom unterscheiden. Daraus lassen sich neue Maße für die Inzucht sowie für die genetische Diversität ableiten. Vergleiche der hoch aufgelösten Genome über Spezies hinweg geben Hinweise auf eventuell evolutionär wirksame Mechanismen, die vor allem für Fitnessmerkmale von Bedeutung sein könnten. Zudem können mit Hilfe der dichten Markerabdeckung genomweite Assoziationsstudien zwischen SNP und putativen kausalen Varianten durchgeführt werden. Dazu werden geeignete Teststatistiken entwickelt, die aus der Vielzahl zu erwartender signifikanter Ergebnisse eine möglichst präzise Bestimmung und den Ausschluss der falsch positiven Signale gewährleisten.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Tierzucht
