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Genom-basierte Surveillance √ľbertragbarer Colistin- und Carbapenemresistenzen Gram-negativer Infektionserreger (G√úCCI)

Projekt

Ernährung und Verbraucherschutz

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Ernährung und Verbraucherschutz


Förderkennzeichen: BfR-BIOS-08-1339-105
Laufzeit: 01.01.2019 - 30.12.2021
Forschungszweck: Experimentelle Forschung

Das Projekt fokussiert auf das Schwerpunktthema „Erreger mit speziellen Resistenzen“. Die Hauptziele liegen dabei in (i) der Bewertung von komplexen Ausbreitungsszenarien mit dem Fokus auf horizontale Resistenzübertragung durch Plasmide unter Einbeziehung der Ergebnisse moderner Sequenz-basierter Typisierverfahren, (ii) der Ableitung allgemeingültiger Standards und essentieller Voraussetzungen für eine valide Datenauswertung, (iii) einer Identifizierung von begünstigenden Faktoren und von Hinderungsgründen für eine zügige Umsetzung dieser; (iv) der Entwicklung von Strategien einer Zusammenführung klinisch-epidemiologischer Informationen mit Genomdaten und (v) einem Wissenstransfer in die qualifizierte Fachöffentlichkeit. In einem sektorübergreifenden Ansatz werden zwei ausgewählte Antibiotikaresistenzen mit sehr hoher Public Health-Relevanz bearbeitet. Es geht zum einen um einen wissenschaftlichen Erkenntnisgewinn mit unmittelbarem Public Health-Bezug, d.h. konkret um eine bessere Einschätzung des Gefährdungspotenzials (i) mcr-vermittelter Colistinresistenz bei Isolaten von Tieren und Lebensmitteln und deren Bedeutung für human-pathogene Isolate sowie (ii) carbapenemaseproduzierender Enterobacterales in Tieren und Lebensmitteln als ein mögliches Reservoir der Resistenzentwicklung bei humanen Isolaten. Zum anderen wird mit dem Projekt modellhaft die dringend notwenige Implementierung einer Kerntechnologie für eine genombasierte Erreger- und Resistenzsurveillance in Leitinstitutionen des Public Health und Veterinary Public Health und der epidemiologisch adäquaten Aus- und Bewertung realisiert. Teilprojekte des BfR: Das BfR ist an allen Arbeitspaketen beteiligt. Um das Ziel der Bereitstellung und Validierung einer geeigneten Extraktions- / Sequenzierungs-/ Auswertungsmethode zur Identifizierung von Plasmidsequenzinformationen in Gesamtgenomdaten innerhalb von Routineuntersuchungen zu erreichen, sind folgende Aufgaben vorgesehen: • Auswahl der zu charakterisierenden Isolate/Genomsequenzen unter Berücksichtigung der zu beantwortenden bioinformatischen und epidemiologischen Fragestellungen • Inventarisierung vorhandener Tools zur NGS- und SMS-Auswertung unter Berücksichtigung verschiedener Fragestellungen in enger Kooperation mit den Teams entsprechender Projektpartner • vergleichende Untersuchung und Bewertung der Eignung verschiedener Verfahren zur Trennung von Plasmidsequenzinformationen aus WGS-Daten • experimentelle Untersuchung und vergleichende Bewertung von Extraktionstechniken zur Optimierung des Sequenzierungsergebnisses hinsichtlich ihrer Eignung zur spezifischen Anreicherung von Plasmidsequenzinformationen • Zusammenstellung der vorliegenden epidemiologischen Informationen zu den ausgewählten Isolaten • Erstellung der fachlichen Konzeption für die Bewertung der gewählten Fragestellungen

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